因此，现在要重新将这些剿寇军队撤回直隶勤王，中原空虚，必须要重建卫军，否则刘重元这个五省总理名头虽响确是光杆儿司令，那有什么用。
按照刘重元的规划，山东、河南、江北、湖广和四川五省，每个省应当有一名总兵官兼任当省都指挥使，总兵官能够指挥营兵主征伐，都指挥使主掌省内所有的卫所，两职合一才能更好的指挥掌控一省的所有军队。总兵之上仍由巡抚总理军务兼理粮饷，虽然平时由巡抚监督、管理总兵、副总兵等统领的本省军队，但是战事，各总兵将领直属刘重元直接指挥。
按制，总兵官直辖正兵营五千人，另外总兵之下有副总兵一人，掌握奇兵营三千五百人，由参将统领的援兵营三千人，由游击统领的游兵营两千人，总兵官对副总兵和游击只有职级上下之别，没有上下隶属关系，一体由巡抚统一指挥。
虽然一心想要建立新军，看不上这种因应抗击蒙古人寇边而产生的畸形军制，但是一时半会儿刘重元也不想改了，先凑合着用着吧。
各省因防务需要的不同，刘重元建议副总兵、参将和游击的数量可以做一定调整，以便能够驻扎各战略要地，往来机动清剿流寇。
河南位于中原腹心，又是流寇肆虐的重灾区，需要驻防的战略要地很多。河南省城开封是周王王府所在，四周河流纵横，处汴河中枢位置，向西连接黄河、渭河而直达洛阳，长安，往东南经淮河、大运河抵达长江，无论是政治、军事地位都十分重要，万不可有失，因此必须驻以重兵，除了河南巡抚标营之外，刘重元还准备将河南总兵驻防在这里。
陕州地处陕西、山西和河南三省交界，是陕西进入中原或者河南进入陕西的交通要道，堵住了这里，也就基本上可以锁住了流寇往来中原和西北的咽喉，地理位置甚至比开封还要重要，因此这里必须驻扎重兵，当以副总兵驻守。
南阳地处勋阳、湖广三省交界，这一带也是流寇活动最为猖獗的地方。勋阳从明中期开始一直因为流民问题而动荡不止，爆发过大的流民起义都有好几次，天然是流寇的大本营，因此，朝廷专门在这里设立了勋阳巡抚进行治理。李自成被打的奄奄一息只剩下18人逃到了商洛山中，商洛山就位于勋阳，张献忠投降蛰伏于谷城，也是在勋阳。因此，南阳对于河南来说战略位置非常重要，卡住了南阳也就挡住了勋阳流寇进入河南的通道，刘重元认为也需要副总兵来驻守。
其他汝州、汝宁府、彰德府等地，虽然战略地位不如以上三处重要，但也是天下之要冲，需要驻以重兵，对这些地