排各层级的学堂每年教学计划与教学目标。
在三年后，这第一批新式教育培养出的生员顺利毕业，由内阁根据毕业考试成绩的不同分别派到了两京其他各省乃至府州县进行各级别学堂担任教职官员。
在五年后，大明新式教育改革便已初具规模和体系。
各县有新式初等学堂，同县学一样，面向所有社学蒙童招生。
各县之初等学堂设三个年级，第三年毕业后考选优异者升入高等学堂，高等学堂也设三年，三年毕业后考选优异者可入大学堂。
继京师师范学堂出现后，在第三年，大明便又成立了京师大学堂。
同时在南京、沈阳、重庆、西安设立了四所师范学堂。
另外，除了原有之大明工业学堂、大明船政学堂、大明陆军军事学堂，在南京、松江、保定、沈阳、广州、成都、武昌、昆明、太原、保定、苏州、扬州十二地成立一批综合性大学堂，由礼部直接管辖。
这四所师范学堂与京师师范学堂以及京师大学堂和十二地的综合性大学堂皆受礼部管辖，学堂祭酒授礼部右侍郎衔。
这些高校可直接考选学生为举人甚至进士，名额不限，但有相应的标准，具体标准由高校自己决定上报礼部批准。
这里面最重要的则是京师大学堂、大明工业学堂、大明船政学堂、大明陆军军事学堂、京师师范学堂五所高校。
京师大学堂由内阁阁臣兼工部尚书宋应星亲自担任祭酒，圣学成就最高的方以智担任圣学司业，相当于后世之理科带头人，文学成就最高的张岱担任文学司业，相当于后世之文科带头人。
师资规模乃全大明最强，生源也是从各省高等学堂里选取的最顶尖学生。
大明工业学堂是工业底子雄厚背靠大明军械所，汤若望、孙和鼎、孙和斗等大明工业领域顶级专家的集中地，且很多教师都已经是大明工程院的院士，因而算是大明在应用科学领域最核心的基地。
大明船政学堂负责海军训练与造船，在海洋方面无人可敌。
大明陆军军事学堂则是大明最高等军事院校，大元帅府大部分中高层将领皆出自该校及其前身淮安讲武堂。
京师师范学堂乃师范领域的代表，且朱由检将王夫之从大元帅府调派到了京师师范学堂，也使得京师师范学堂与国子监等传统学院大为不同。
国子监本来就已是名存实亡，何况北京国子监还曾毁于战火，而南京国子监则更衰败了，如今也就不过是赶考举子们的临时读书之地。
国子监的官员一出缺，朱由检