商鞅怀恨在心，商鞅也因此埋下了悲剧的种子。
后人对商鞅呈现了两极分化的评价，有正面评价，也有负面评价。
西汉御史大夫桑弘羊评价商鞅：
昔商君相秦也，内立法度，严刑罚，饬政教，奸伪无所容。外设百倍之利，收山泽之税，国富民强，器械完饰，蓄积有余，是以征敌伐国，攘地斥境，不赋百姓而师以赡。故利用不竭而民不知，地尽西河而民不苦。
商鞅在秦国做丞相，在国内建立法律制度，严格执行，整顿政治和教化，使奸诈虚伪的人无处容身，对外设置获取百倍利益的措施，征收山川湖泽的赋税，国家富裕百姓强盛，器械精良，物资丰富，征伐敌国，开拓疆土，不用向百姓征收赋税而军队的供给充足，所以财用不枯竭而百姓没有察觉，领土扩展到西河而百姓不觉得困苦。
这是对商鞅的正面评价，桑弘羊擅长搞经济和财政工作，因此对商鞅变法中对经济的影响深刻。
相对来说，司马迁对商鞅的评价就是负面的。
司马迁对商鞅的负面评价，主要是认为商鞅是个刻薄寡恩的人，也就是酷吏，这种说法是有失偏颇的，商鞅是法家，实行是变法，法律本来就不讲人情世故，犯了法就要处罚，如果商鞅还要讲恩情的话，那对他有恩情的人犯了法，就不处罚了吗？
但是司马迁对商鞅评价，多出于儒家与法家之争。
但是可惜，商鞅的这种变法是把双刃剑，正面意义就是导致秦人非常守法，路人拾遗，治安非常好，负面意义就是刑法严酷，动不动就杀人，人生在世，哪有不犯错的，一犯错就会把命都丢了。
因此商鞅在百姓心目中就是酷吏的形象，对他当然就不会可怜。
《史记》记载了商鞅出任秦相十年，很多王公贵族都怨恨他。
这个就比较容易理解了，商鞅废除了世袭世禄制，贵族不再是生来就是贵族，也要跟百姓一样去拿军功换爵位，贵族别说怨恨他，杀他的心都有。
所以秦孝公一死，这些旧贵族全部联合起来陷害商鞅谋反，秦惠文王作为亲君，想要立威，又想收回军政大权。
要知道商鞅是新君的巨大威胁，他在秦国变法多年，手握军政大权，是秦孝公一心在背后护着商鞅，秦孝公一死，商鞅的后台倒了，自然就遭到了清算。
但秦惠文王也算是明君，虽然杀了商鞅，但并没有废除商鞅变法，秦国依然继续维持变法，才变得越来越强大。
但归根究底，商鞅在秦国的变法，为秦国打下富国强兵的基础，才有后来的秦始皇统一天