南疆的反抗一直都比北疆更为激烈。
现在明军攻打进来，各地也是相继大规模暴动。明军打到哪里，当地苏军要应付的第一件事先不是抵抗明军，而是镇压暴动。当然苏军有枪有炮，老百姓不是他们的对手。但这样一来，苏军却基本没有严阵以待的机会，起码不能根据军事防御来调兵，得根据暴动地区来调兵。防守计划全被打乱了。
北疆和南疆之间隔着高高的天山，很难相互调兵。苏军只能千里迢迢的从大后方塔吉克斯坦和吉尔吉斯斯坦调兵，要横跨整个南疆，路途遥远，没有铁路。用公路运兵，苏军的汽车运力又远不能跟现在的明军比。因此在短期之内，南疆的苏军就处于一个非常孤立的境地。
从6月7日到6月19日，明军南路攻势在12天之内，推进了6oo公里，从吐鲁番横跨巴音郭楞，一直打进阿克苏。塔克拉玛干沙漠以北的绿洲走廊，已经被收复了将近一半。