2oo2-o3赛季，阿森纳在英中一度形势不错，但最终被曼联反。
不过在这一年里，阿森纳夺取了英格兰足总杯，也成为了这项赛事自1982年来第一支卫冕的球队。
在这个赛季里，蒂埃里?亨利的迅提升引人注目，他从刚到海布里时一名不稳定、爱脾气的年轻人，逐渐成长为英中最可怕的攻击手。
2oo3年，亨利还当选了英格兰球员联盟和记者协会评选的双料最佳球员。
2oo3-o4赛季，是值得阿森纳为之骄傲的一个赛季，他们夺取了俱乐部历史上的第13座联赛冠军奖杯！
整个赛季里，阿森纳高歌猛进，在英中保持不败，创造了令人吃惊的神话。2oo3-o4赛季结束后，阿森纳以9o分的积分夺冠，领先第二名切尔西达11分之多。
2oo4年8月，阿森纳打破了前诺丁汉森林保持的纪录，缔造英格兰顶级联赛连续49场联赛不败的新神话！
随后的2oo4-o5和2oo5-o6两个赛季，随着罗曼?阿布拉莫维奇的到来，切尔西的崛起给了阿森纳新的挑战，蓝军切尔西连续夺取英冠军，阿森纳仅仅收获了一座英格兰足总杯。
不过在2oo5-o6赛季里，年轻人的崛起让阿森纳看到了新的希望，球队中的塞斯克?法布雷加斯等一批新锐迅成长，随队一路打进了欧冠决赛。
虽然1-2负于西甲的巴塞罗那，但这成为是枪手阿森纳最接近欧洲之巅的一次。
2oo6年7月，阿森纳俱乐部告别了载满荣誉的海布里球场，搬入了现代化的酋长球场。
新球场为球队和球迷带来了更好的资源和服务，却也使俱乐部背上了巨额债务。球队虽然每年都能够争取到欧冠席位，却始终无法再举起一座奖杯。
法国人亨利在这种情况下，为了欧冠冠军远走巴萨罗那，阿森纳的实力受到削弱。