出现过三十多个流派，期间共分为九大流派，武藏、甲阳、越后、信浓、伊贺、甲贺、纪伊等，其中神奈川忍术在东岛最为发达，到后来当数伊贺流与甲贺流最为出名。
在忍者中，武功只是忍术中的一小部分，除此以外还有食、药、香、气、体五种是忍者必修之法，俗称忍者五道。
食即是忍者的食谱，为了练就一身本领，一日三餐的食谱非常重要。香即是是气味，通过味道判断对方的经济情况与地位，也可以作为其他特殊隐藏伎俩。药就是草药，忍者的修炼复杂，最基本的就是要懂得一些山林植物和草药，并且懂得调配一些简单的治疗中草药。
气就是忍者的修身养性，以便在实战中更加注意力集中，爆发出强大的战斗力，这一点有点类似华国宋明时期武当派的修炼之法。体就是人体肌肉与关节的锻炼，同时配合静坐、呼吸、按摩和针灸等多方修炼。